中藥材征收補償不僅要依照土地管理法第四十八條，征收土地應當依法及時足額支付土地補償費、安置補助費以及農村村民住宅、其他地上附著物和青苗等的補償費用，并安排被征地農民的社會保障費用。
征收農用地的土地補償費、安置補助費標準由省、自治區(qū)、直轄市通過制定公布區(qū)片綜合地價確定。制定區(qū)片綜合地價應當綜合考慮土地原用途、土地資源條件、土地產值、土地區(qū)位、土地供求關系、人口以及經濟社會發(fā)展水平等因素，并至少每三年調整或者重新公布一次。同時也要根據品種的不同，以及中藥材的生長期做賠償?shù)臉藴手?，通常還要考慮當?shù)鼐用裆钗飪r以及人頭數(shù)來綜合決定。