主要在補償款的分配上。因為集體土地，所有權是集體所有，所以征地補償款中有土地補償費是補償給集體，而地上附著物和青苗補償則是賠給其實際所有者。而對于國有土地上房屋的征收一般就是貨幣補償或者產(chǎn)權調(diào)換。

根據(jù)我國《土地管理法實施條例》第二十六條　土地補償費歸農(nóng)村集體經(jīng)濟組織所有；地上附著物及青苗補償費歸地上附著物及青苗的所有者所有。

征收土地的安置補助費必須?？顚Ｓ?，不得挪作他用。需要安置的人員由農(nóng)村集體經(jīng)濟組織安置的，安置補助費支付給農(nóng)村集體經(jīng)濟組織，由農(nóng)村集體經(jīng)濟組織管理和使用；由其他單位安置的，安置補助費支付給安置單位；不需要統(tǒng)一安置的，安置補助費發(fā)放給被安置人員個人或者征得被安置人員同意后用于支付被安置人員的保險費用。

根據(jù)我國《國有土地上房屋征收與補償條例》第十七條　作出房屋征收決定的市、縣級人民政府對被征收人給予的補償包括：

（一）被征收房屋價值的補償；

（二）因征收房屋造成的搬遷、臨時安置的補償；

（三）因征收房屋造成的停產(chǎn)停業(yè)損失的補償。

市、縣級人民政府應當制定補助和獎勵辦法，對被征收人給予補助和獎勵。

第二十一條　被征收人可以選擇貨幣補償，也可以選擇房屋產(chǎn)權調(diào)換。

第二十三條　對因征收房屋造成停產(chǎn)停業(yè)損失的補償，根據(jù)房屋被征收前的效益、停產(chǎn)停業(yè)期限等因素確定。具體辦法由省、自治區(qū)、直轄市制定。